В конце XVII в. полностью перестроен на средства бояр Нарышкиных, рассматривавших монастырь как свою родовую усыпальницу. В монастыре хранились Боголюбская икона Божией Матери, Влахернская, Казанская и Толгская иконы Богоматери.

После 1917 Высокопетровский монастырь служил местопребыванием архиереев, лишённых кафедр по настоянию властей, а также вернувшихся из ссылки. В 1926 монастырь был упразднён (последняя церковь закрыта в 1929году). В ансамбле монастыря: уникальная по архитектурным формам 8-лепестковая в плане церковь Петра Митрополита (1514—17, архитектор Алевиз Фрязин Новый; перестроена в 1686); богато декорированная в духе московского барокко церковь Боголюбской Богоматери (1684—87, служила усыпальницей Нарышкиных; у её юго-западного угла — часовня над могилой К.П. Нарышкина, в монашестве Киприана, деда Петра I); трапезная церковь Сергия Радонежского (1690—94, построена в память пребывания Петра I в Троице-Сергиевом монастыре в 1689); надвратная церковь Пахомия (1753—55, возможно, архитектор Д.В. Ухтомский); церковь Толгской Богоматери (1744—50, возможно, архитектор И.Ф. Мичурин); надвратная колокольня с церкви Покрова (1690—94), венчающая парадный вход в обитель; братский корпус («палаты Нарышкиных», 1690); корпус монастырских служб (1690-е гг.). В 1992 возобновлено богослужение в церкви Сергия Радонежского. От названия Высокопетровского монастыря происходят наименования улицы Петровки и Петровского бульвара.

После закрытия монастыря, храмы и монастрырские помещения использовались не по назначанию и к 1990-году сильно обветшало. С 1990 -года происходит реставрация монастырских храмов. Как таковой Высокопетровскиймонастырь является недеюствующим, однако некоторые храмы возвращены РПЦ и в них проходят богослужения.